K nejvýznamnějším původním biotopům Šumavy patří rašeliniště, neboť velká část z nich je stále ještě téměř nedotčena lidskou činností. Jedná se o biotopy ostře ohraničené od okolní zalesněné krajiny, které se izolovaně vyvíjely od začátku poledového období, zvaného holocén. V průběhu holocénu se vytvářela rašeliniště na podmáčených šumavských pláních – tzv. slatě a v údolí Vltavy - údolní rašeliniště. Pro slatě je typický mírně vyklenutý střed vzhledem k okraji rašeliniště a na Šumavě se nacházejí ve výškách okolo 1000 m n. m., například v okolí Modravy. Údolní rašeliniště postrádají vyklenutý střed, celé rašeliniště je ploché. Nacházejí se především v údolí Vltavy, nejznámější jsou Velká a Malá Mokrůvka, Mrtvý luh a Pěkná.
Šumavská rašeliniště jsou domovem unikátní flóry a fauny. Nežije tu velké množství druhů, zato však zajímavějších. Přírodovědci je dělí podle síly vazby na rašeliniště do tří ekologických kategorií. Tyrfobiontní druhy jsou ty, které jsou svým výskytem vázány výhradně na rašeliniště jako biotopový ostrov. Jelikož tyrfobiontní druhy nemohou přežívat mimo rašeliniště a jejich možnosti migrace mezi jednotlivými rašeliništními biotopy je omezená, představují jednotlivé izolované populace těchto druhů svébytné geografické rasy.Tyrfofilní druhy se vyskytují nejen na rašeliništích, ale i mimo ně. Jejich početnost je však na rašeliništích výrazně vyšší. Nejméně pevnou vazbu na rašeliniště mají tyrfoneutrální druhy.