CHKO Kokořínsko
Na Litoměřicku se nachází jen na velmi malé ploše v JV části, zhruba na linii Mariánská kaple u Stračí - Brocno - Chcebuz - Újezd a Mošnice. Charakteristické pro toto CHKO jsou z větší části zalesněná kaňonovitá údolí v pískovcích, a tomu také odpovídá flora a fauna. Převážná část území CHKO leží v okresech Mělník, Česká Lípa a okrajově i Mladá Boleslav. Sídlo Správy CHKO Kokořínsko je v Mělníku.
CHKO České středohoří
Zasahuje do oblasti v jeho severní části zhruba na linii Třebenice - Lovosice - Litoměřice - Úštěk a jedná se o část, pokračující dále do okresů Louny, Teplice, Ústí n. L., Děčín, Česká Lípa a Most. Správa CHKO sídlí v Litoměřicích.

Z maloplošných chráněných území se zde nachází několik kategorií, a to (za názvem uvádíme katastr, v závorce datum vyhlášení a nakonec heslovitě důvod vyhlášení):

NPR " národní přírodní rezervace
NPR Lovoš - Oparno, Lhotka n. L. (1948) - teplomilná společenstva
NPR Milešovka - Milešov (1951) - společenstvo lesů, stepí a skal
NPR Sedlo - Horní Chobolice, Srdov (1968) - skály, stepi, sutě, pralesovité porosty

PR - přírodní rezervace
PR Březina - Milešov, Kostomlaty p. Mil. (1969) - živé rašeliniště
PR Holý vrch - Hlinná (1949) - stepní květena s koniklecem otevřeným
PR Kalvárie - Libochovany, Velké Žernoseky (1993) - hodnotná společenstva
PR Lipská hora - Mrsklesy (1951) - geobiocenózy skal a sutí
PR Loužek - Doksany (1933) - údolní niva Ohře
PR Myslivna - Poplze (1968) - lužní porost s mokřady a tůněmi
PR Na Černčí - Rochov, Tetčiněves (1990) - bohatá lokalita vstavačovitých

NPP - národní přírodní památka
NPP Bílé stráně - Pokratice (1954) - teplomilná společenstva na opuce
NPP Borečský vrch - Boreč u Lovosic (1951) -mikroexhalace vodních par na suti
NPP Dubí hora - Konojedy (1966) - ukázky bochníkovitého rozpadu čediče
NPP Kleneč - Kleneč (1951) - výskyt endemického hvozdíku písečného českého

PP - přírodní památka
PP Hradiště - Hlinná (1949) - stepní květena s koniklecem otevřeným
PP Košťálov - Jenčice (1960) - teplomilná společenstva na vyvřelinách Českého středohoří
PP Kuzov - Dřemčice (1949) - skalní step
PP Plešivec - Kamýk, Hlinná, Miřejovice (1966) - mimojeskynní výskyt ledu v suti
PP Radobýl - Litoměřice, Žalhostice (1969) -naleziště divizny brunátné a její variace
PP Radouň - Radouň u Štětí (1983) - opukové stráně s výskytem vzácných rostlin